由于父母被调任国外,珠纪只好回到年幼时曾住过的季封村投靠外婆家,但珠纪一抵达村子就头痛欲裂,还遇见不可思议的生物,甚至被不曾见过的果冻状怪物袭击。在一片慌乱之中,一个名叫鬼崎拓磨的少年救了她,并在她的耳边低喃“不可以去那里”……!?
拓磨把她带到外婆加重,外婆静纪告诉珠纪:“你继承了玉依的血脉,必须封印鬼斩丸。”接着,完全搞不清楚状况的珠纪,便和矢志保护‘玉依姬’的守护五家相见了,包括拓磨在内,他们各个都非常有个性。
由于年龄相近,珠纪与守护者们很快就打成一片,他们开始针对号称拥有毁灭时间力量的‘鬼斩丸’和‘玉依姬’展开调查。就在此时,在珠纪众人的面前,出现了一位自称‘圣女’的少女,以及她所率领的神秘组织‘Logos’成员,少女问珠纪——“你要选择放弃封印,还是死?”
“……我要战斗。”珠纪坚定地回答,获得拓磨众人的支持。然而,珠纪在和实力差距过大的Logos战斗中,目睹拓磨等人无力招架而伤痕累累,她到底该怎么做呢……!?